HCV genotypering

Het hepatitis C virus (HCV) heeft een enorme genetische diversiteit. HCV kent 7 verschillende genotypen (1 t/m 7), die verder onder te verdelen zijn in subtypes (a,b,c, .. ). Het type behandeling, de duur en de succeskans van HCV behandeling zijn genotype-afhankelijk. Tussen verschillende HCV genotypes bedraagt de genetische variatie meer dan 30%, tussen subtypes is deze typisch 15-25%. Per 1 september 2014 zal een nieuwe in-house HCV genotyperingstest in gebruik worden genomen. De nieuwe test heeft lagere reagenskosten en kan gelijktijdig met de HBV genotypering worden uitgevoerd. Hierdoor kan de prijs van zowel de HCV- als de HBV genotypering aanzienlijk worden verlaagd van € 218,84 naar € 152,22.

Tot 1 september 2014 werd het HCV genotype in klinische monsters bepaald met behulp van de commerciële Versant HCV Genotype 2.0 LIPA test. Deze line probe assay (LIPA) maakt gebruik van een zeer beperkt aantal genotype- en subtype specifieke puntmutaties in de uiterst geconserveerde 5’ untranslated region (UTR) en het core gen van het HCV genoom. Het onderscheidend vermogen tussen de verschillende subtypes, maar ook tussen de in deze regio’s nauw verwante HCV genotypes 1 en 6, is hierdoor beperkt. Dit is voor Sanquin Virusdiagnostiek aanleiding geweest om in-house een HCV genotyperingstest te ontwikkelen.

Deze nieuwe test zal per 1 september 2014 in gebruik worden genomen en is gebaseerd op de genetische variabiliteit in het NS5B gen dat codeert voor het HCV RNA polymerase. Een deel van het NS5B gen (340 basen) wordt geamplificeerd met behulp van PCR, waarna de basenvolgorde wordt bepaald via sequencing. De verkregen sequentie wordt vergeleken met een referentieset van alle 67 officieel toegekende geno- en subtypes (1). In vergelijking met de LIPA assay, kan de nieuwe in-house test de verschillende HCV geno- en subtypes aanzienlijk beter van elkaar onderscheiden, wat leidt tot een robuuste eenduidige HCV-subtypering. Beide testen vereisen een minimale HCV virale load van 2000 IU/ml. Om fout-negatieve uitslagen te voorkomen, wordt als standaard onderdeel van de nieuwe test een HCV PCR uitgevoerd op de sterk geconserveerde 5’UTR regio om op de aan- of afwezigheid van HCV RNA te controleren.

Validatie

Voor de validatie van de nieuwe test werd een genotypenbreed panel van 70 klinische monsters getest waarvan het HCV genotype eerder was bepaald met de LIPA. Met de nieuwe test kon het correcte genotype en subtype worden vastgesteld bij 69/70 (99%) monsters. De LIPA gaf slechts in 64/70 (91%) het goede genotype; 5 monsters waren niet typeerbaar en 1 monster werd getypeerd als genotype 1 in plaats van genotype 6. De LIPA kon slechts 45/70 (64%) monsters eenduidig en correct subtyperen. Dit betrof hoofdzakelijk de in Nederland veel voorkomende HCV subtypes 1a, 1b, 2b en 3a. Bij de overige monsters, veelal minder frequent voorkomende HCV subtypes, werden er vaak meerdere mogelijke subtypes als uitslag gegeven (bv: genotype 4a/4c/4d), of werd er helemaal geen subtype toegekend (bv. genotype 4). Het subtype is in tegenstelling tot het genotype met de huidige behandelmethoden (nog) niet van belang voor de aard, duur of succeskans van de behandeling.

Referentie

(1) Smith DB, Bukh J, Kuiken C, Muerhoff AS, Rice CM, Stapleton JT, Simmonds P. Expanded classification of hepatitis C virus into 7 genotypes and 67 subtypes: updated criteria and genotype assignment web resource. Hepatology 2014; 59:318-27.

Diagnostische testen

V067: HBV-DNA genotypering met PCR
V917: HCV-RNA kwantitatief met vervolg (genotypering)

Vragen

Voor vragen over deze bepalingen kunt u contact opnemen met de heer Boris Hogema, hoofd
van het laboratorium Virale Nucleïnezuurdiagnostiek, bereikbaar onder telefoonnummer
020-512 1315 of per e-mail b.hogema@sanquin.nl.

Laatst bewerkt op: 27 augustus 2014